Chios' Geschichte führt bis in die Bronzezeit zurück und folgt zu verschiedenen vorhellenistischen Völkern, die auf der Insel siedelten. Jason, der sagenhafte Held der Argonauten soll auf der Insel gerastet habe, als er in das weit entfernte Phrygien reiste. Aber auch Christopher Columbus soll über zwei Jahre hier verbracht haben.

Der erste Einwohner und der erste König der Insel Chios, der Mythologie nach, soll Inopion, der Sohn von Dionysos und Adriane, gewesen sein. Er soll vom günstigen Klima der Insel angelockt worden sein und einen Tempel beim heutigen Fana Akrotiri errichtet haben. Eine andere Version besagt, dass er der Sohn von Theseus, dem König von Athen, und Adriane war. Adriane, die aus Kreta kam, lehrte den Einwohnern, wie man Wein anbaute. Der Name Chios kommt wohl von Chiona, der Tochter von Inopion. Andere Geschichten erzählen, der Name stamme von Hios, dem Sohn des Poseidon. Bei dessen Geburt sei so viel Schnee (griechisch = chioni) gefallen, dass man seine Geburtsstätte danach benannte. Eine weitere Legende besagt, dass der Name von den Phöniziern aus Syrien kommt und Chios bei ihnen "mastiha" heißt. Noch heute ist umstritten, welche der drei Ursprünge wohl der wahre ist.

Die Insel wurde schriftlich das erste Mal in einem Atemzug mit vielen anderen Inseln; Pitioussa, Makris, Aethalea und Ofioussa, genannt. Archäologische Funde beweisen, dass die Insel seit 6000 v. Chr. bewohnt ist.

Vom Bronzezeitalter bewohnt wurde die Insel später von den Ioniern besiedelt. Sie war eine der 12 griechischen Stadtstaaten Kleinasiens die die Panionische Dodekapolis bildeten.

Zwei der längsten Geschichten der Welt, die Illiade und die Odyssee, sollen vom blinden Dichter Homer auf der Insel Chios verfasst worden sein. Darin werden die spannenden Abenteuer großer Krieger erzählt. Man weiss nicht viel über Homer, und noch steht nicht fest, ob er alle diese Gedichte selber geschrieben hat. Es ist nicht einmal sicher, ob solch ein Mann überhaupt existiert hat. Ursache für den Mangel an Informationen, ist, dass zu jener Zeit Dichter singend von Ort zu Ort zogen, um ihre Gedichte aufzusagen und Nahrung zu erbitten. Bewiesen ist, dass einige von Homers Gedichten vor 2500 Jahren in Sparta vorgetragen wurden. Alexander der Große soll ein großes Interesse an Homers Gedichten gehabt haben. Homers Stil wurde von manchen Dichtern übernommen und seine Werke wurden in viele Sprachen übersetzt.

Im 7. Jhd. vor Chr. gründet Malas die berühmte Skulpturschule von Chios, an der viele Bildhauer, wie Mikkiades, Bupalos, Archermos, Athenis und Glavkos unterrichteten. Glavkos soll als erster auf Chios Statuen aus Zinn gegossen haben. Die Werke von Dexamenos sind heute in den Museen der ganzen Welt zu bewundern.

Die Stadt Chios wurde wohl schon etwas früher als die erste ionische Kolonisation um 1000 v. Chr. gegründet und entwickelte sich zu einer der bedeutensten Städte der antiken Zeit. Chios hatte eine große Handelsflotte und exportierte vor allem seine eigenen landwirtschaftlichen Produkte. Im 16. Jahrhundert war Chios die größte Stadt der Gegend mit einer Einwohnerzahl von etwa 60.000 bis 80.000 Einwohnern (Sklaven nicht mitgezählt).

Als Chios Mitglied des Attischen Seebundes unter Führung der Athener wurde, hatte es seine eigene, freie Regierung. Oft wurde die Stadt zerstört und wieder errichtet. Durch Schifffahrt und Handel erreichte die Stadt extremes Reichtum. Athineos erwähnte die guten Kochkünste der Chioten, Thoukidides sah die Einwohner von Chios als "die reichsten unter den Griechen" und pries die Insel und ihre Stadt.

Während des Peloponnesischen Krieges kämpften die Chioten erst auf der Seite der Athener. Nach der Niederlage in Sizilien wechselten sie die Fronten und liefen über zu den Spartanern. Die Spartaner führten die zehn Tyrannen ("dekarhia") und einen Führer auf der Insel ein, so dass Chios Tyrannei und Gewaltherrschaft über sich ergehen lassen musste. Die Stadt verlor all ihre Schiffe, die von den Spartanern übernommen wurden. Unter diesen Umständen bereuten sie die Loslösung von den Athenern ziemlich schnell.

Mit der  Besetzung der Insel durch die Genuaner 1346 begann eine neue Periode.  1566 wurden die Genuaner von den Türken vertrieben, die die Insel weitere 350 Jahre besetzt hielten (1566-1912). 1821 erhoben die Chioten eine Revolte gegen die Besetzung der Ottomanen.

Nach 400 Jahren Sklaverei im eigenen Land nahmen die Griechen ihren Mut zusammen und beschlossen für ihre Unabhängigkeit zu kämpfen. Am Anfang nahm Chios noch nicht an den Unabhängigkeitskämpfen teil. Auf der Insel lebten friedliche Menschen, die ihr Leben dem Anbau von Mastiha widmeten. Dieses Produkt wurde an die Sultane verkauft.

Die Nachfrage war groß, und so bekamen die Einwohner von Chios einige Privilegien zugesprochen. So mussten sie etwas weniger unter dem Regime leiden.  

Trotz dieser Privilegien hatten die Einwohner etwas gegen die Ottomanische Fremdherrschaft und rebellierten. Im März 1822 kam der Kommandeur Likourgos Logothetis von der Insel Samos mit seiner Armee von 2.500 Mann und verdrängte die Türken von der Insel.

Daraufhin schickte der Sultan eine große Flotte unter der Führung des berüchtigten Kommandeurs Kara-Ali, um Chios zurückzuerobern und die Einwohner Chios' dafür zu bestrafen. Kara-Ali ging sehr brutal vor und tötete viele Chioten, versklavte oder folterte sie.  

Binnen nur kurzer Zeit sank die Einwohnerzahl der einst so prächtigen Insel von 100.000 auf 3.000. 40.000 Personen gelang es, auf Nachbarinseln zu fliehen.

Die Nachricht des grausigen Massakers erreichte den Rest Griechenlands und die Nachbarstaaten ziemlich schnell. Die ganze Welt sah nun ein, wie wichtig eine Unabhängigkeit Griechenlands ist.

Aber es kam noch schlimmer, als ein schweres Erdbeben 1881 das Wiedererrichtete ein weiteres Mal hinraffte. Diese nächste Folge in der schier unendlichen Serie der Zerstörungen der Insel brachte das Fass der Wut endgültig zum Überlaufen. So schworen sich die Chioten nun, Rache an der Armee von Kara-Ali zu nehmen.

Der Führer des Gegenschlags war Konstandinos Kanaris, Marine-Kommandant von der Insel Psara. Die feindliche Flotte errichtete ihren Stützpunkt nach der Zerstörung  im Hafen von Chios Stadt.

Auch wenn es Kanaris gelang, die Kriegsschiffe der Türken zu zerstören, verblieb Chios unter türkischer Besetzung. Man versuchte, die Wirtschaft wieder aufzubauen.

Am 4. Juni 1882 geschah Unvorhergesehenes: Die Krieger Kanaris und Pipino umstellten die Schiffe der Türken und setzten sie in Brand. Die Fliehenden wurden auf der Strecke umgebracht.

Diese Aktion verlieh den Griechen viel Kraft und Mut für ihren Kampf für die Unabhängigkeit. Nach den Balkankämpfen am 11. November 1912 wurde Chios endlich frei und mit anderen Städten zusammengeschlossen.

Noch einmal kam Chios unter die Besetzung eines anderen Landes. Am 4. Mai 1941 wurde es von den Deutschen eingenommen. Drei Jahre später, am 10. September 1944, wurde Chios endgültig befreit.